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醫療廢水來源及成分復雜，含有病原性微生物、有毒、有害的物理化學污染物和放射性污染等，具有空間污染、急性傳染和潛伏性傳染等特征，不經有效處理會成為一條疫病擴散的重要途徑和嚴重污染環境： 1.醫療廢水受到糞便、傳染性細菌和病毒等病原性微生物污染，具有傳染性，可以誘發疾病或造成傷害；
2.醫療廢水中含有酸、堿、懸浮固體、BOD、COD和動植物油等有毒、有害物質；
3.牙科治療、洗印和化驗等過程產生污水含有重金屬、消毒劑、有機溶劑等，部分具有致癌、致畸或致突變性，危害人體健康并對環境有長遠影響；
4.同位素治療和診斷產生放射性污水。放射性同位素在衰變過程中產生a-、β-和γ-放射性，在人體內積累而危害人體健康。 
醫療廢水處理流程： 1.一級處理 醫療廢水一級處理的典型工藝是一級沉淀加俏毒。此流程適用于污水排人市政下水道的醫院，特別是一些綜合醫院。就我國目前的情況而言，大多數城市醫院污水處理后是排人城市下水道，故通常只進行一級處理。但隨著醫院污水排放標準的提高，有些大城市醫院也積極采用二級處理以確保處理后出水的水質。
2.二級處理
醫療廢水二級處理通常為生物處理，常采用的處理方法有：生物轉盤法、生物接觸氧化法、射流曝氣法、氧化溝法、塔式生物濾池法等。二級處理工藝適用于醫療廢水排人地面水域的情況，可對污水的生物性污染、理化性污染及有毒有害物質進行全面處理。
3.消毒處理
醫療廢水消毒處理方法很多，大致可分為物理方法和化學方法兩大類。物理方法有輻射法、紫外線法、加熱法、冷凍法等。化學方法包括用臭氧、重金屬離子、陽離子表面活性劑等化學藥劑處理。我國醫療廢水處理應用最廣泛的是氯化消毒，其中使用較多的次氯酸鈉法，該法處理效果穩定、設備簡單、基建投資省、占地面積少、運轉費用低、管理安全方便。
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